Минуло 4 года с момента объявления последней войны шиноби. Все  деревни пребывают в военном положении, а в сердцах жителей навсегда поселился страх возможной мучительной расправы, который гложет и мучает их по сей день.
Учиха Мадара совместно с Кабуто продолжает повергать 5 могучих страх в пучину хаоса, разрухи и ужаса. Кроме того, поползли слухи, что обладатель вечного мангеке шарингана решил воссоздать организацию Акацуке, призвав в ее ряды новых членов, более опасных и беспощадных, нежели предыдущие преступники.
Тем временем в Конохе происходят масштабные перемены. Наруто, вклад которого в спасение деревни невозможно переоценить, наконец-то осуществляет свою мечту и становится 6-м Хокаге Скрытого Листа, сменив на этом посту Тсунаде-саму, которая с радостью уступила место юному поколению, несколько отойдя от военных дел и возглавив совет Страны Огня и Конохи в частности. Правой рукой Тсунаде становится Какаши.
Саске, осознавший свои грехи и вернувшийся в деревню, вновь стал частью команды №7, воссоединившись со старыми друзьями. Теперь он стоит во главе подразделения АНБУ, являясь правой рукой шестого Хокаге. По левую руку от Наруто, естественно, становится Сакура, которая за это время стала практически лучшим медиком не только в Конохе, но и среди всех иерининов 5 стран. Теперь она возглавляет госпиталь Конохи, своей добротой, заботой и превосходными навыками позволяя раненым вновь встать на ноги и обрести веру в будущее.
Вся троица без преувеличения заняла место трех легендарных ниндзя Конохи, заслужив звание Саннинов.
События также закручиваются вокруг одного из могущественных кланов Конохи - Тенно, который считали, наравне с Учиха, практически полностью уничтоженным. Элитные медики, они всегда оказывали первоклассную поддержку в трудные времена, спасая тысячи жизней. Но была у них и некая особенность - кейке генкай, превращающий их кровь в смертоносное оружие. Более того, с помощью столь необычной способности они могли противостоять практически любому гендзюцу, включая даже додзюцу могучего шарингана. Именно поэтому, по слухам, Учиха заточили зуб на представителей клана Тенно - многие утверждают, что исчезновение Тенно - дело рук владеющих шаринганом.
Сейчас в Конохе остался лишь один представитель этого клана - Хайден, первый ученик Тсунаде-самы. Четвертый саннин Конохи, замкнувший цепь юных дорований. Кабуто жаждет заполучить его кейке генкай, дабы дойти до секрета противостояния могучему шарингану, а Мадара, в свою очередь, мечтает уничтожить единственного представителя Тенно, как маячущую на горизонте угрозу...
Суна тем временем, переживает смутные времена. Гаару буквально раздирают противоречиями местные советники и лорды, упрекая в излишней молодости и горячности, неопытности, которая может погрузить "песок" в пучину хаоса и смуты. Коноха всячески пытается помочь своим союзникам, а Наруто, в свою очередь, не один раз посылал отряды помощи для подавления восстаний в деревне скрытого песка. Кроме того, земли страны Ветра являются довольно удобным местом для сокрытия вражеских отрядов Мадары и Кабуто, отчего Суну практически каждодневно сотрясают ожесточенные бои. Земли песков покрылись кровью местных жителей...
Остальные страны пытаются поддерживать  альянс всеми возможными способами, но силы шиноби трещат по швам под натиском врага. Психологическая обстановка в союзной армии накаляется до предела, в результате многие не справляются с такой нагрузкой и бегут с поля боя, подставляя товарищей под удар. 
Однако ситуация обостряется еще больше, когда на горизонте появляется новое поселение с необычной чакрой и кейке генкаем - Селение Скрытой Надежды. Местный предводитель - Суумон, обладатель воистину необычной способности - его чакра способна усиливать любую способность, а также делать запас самой чакры неисчерпаемым, что дает неовообразимые возможности и мощь. Кроме того, жители деревни управляют необычным элементом - хаосом, что позволяет им изменять реальность и делает их невероятными мастерами гендзюцу, которые могут посоперничать с самим додзюцу шарингана.
Естественно, такой "сосед" моментально привлекает внимание остальных деревень, видящих в нем угрозу. Мадара, в свою очередь, также решает пороботить столь могучее селение.
Но проникнуть в Кибогакуре ("Кибо" означает "надежда") - задание отнюдь не из легких - всю деревню окружает неисчерпаемый защитный барьер, и пока никому не удалось через него проникнуть.
В древних письменах, найденных совместным отрядом скрытого листа и песка в заброшенной гробнице, упоминалась легенда о "ключе энергии", способном даровать своему обладателю неверотяный источник силы. Хранится ли он в Кибо, и если да, то как им распорядится Суумон?